论文免费查重系统支持的格式有很多种，常见的包括doc、docx、pdf、txt等格式。不同的查重系统可能支持的格式略有差异，因此在选择格式时需要根据具体的系统要求进行选择。一般来说，pdf格式是最常见且兼容性较好的格式，适合大多数的查重系统。而doc、docx格式在一些系统中也有很好的支持。在选择适合的格式时，建议优先选择pdf格式，其次是doc、docx格式。另外，还需要注意文档的排版格式是否符合查重系统的要求，避免因格式问题导致查重结果不准确。

如何选择适合的格式取决于您要使用的具体论文查重系统。首先，您需要了解该系统支持的格式有哪些，然后根据您的论文格式选择其中一个系统支持的格式进行上传。一般来说，pdf格式是较为通用的格式，兼容性较好，适合大多数的查重系统。如果您的论文是word文档，可以选择doc或docx格式。在选择格式时，还需要注意文档的排版格式是否符合查重系统的要求，避免因格式问题导致查重结果不准确。综上所述，选择适合的格式需要考虑系统支持情况、文档原始格式以及排版要求等因素。